办公室

负责机关行政、党务、组织、人事、财务、出纳、后勤管理、合作交流等工作。承担信息、保密、安全、政务公开、公文处理、档案、文秘、重要会议组织、重要事项督办等工作。牵头信息化建设和管理工作。指导本系统人才队伍建设工作。组织协调各级生态环境保护督察迎检工作。参与处理涉外环境事务等外事工作。

生态建设科

负责自然生态保护工作,组织协调生物多样性保护工作。承担生态环境规划和计划编制、推进、跟踪评估、考核。负责地表水监督管理保护工作。落实主要污染物排放总量控制目标。负责环境监测、环境统计管理等工作。协调开展生态环境科技工作。

污染防治科（辐射安全管理科）

负责大气、废水、土壤、噪声、固体废物、危险化学品、新化学物质等污染防治和监督管理工作。负责环境应急工作。协调能源结构调整、产业结构调整等工作。推进应对气候变化及碳减排目标任务。按照权限规定，负责核与辐射安全的监督管理，负责本辖区突发核与辐射环境事故和空气重污染应急处理。牵头协调本区环境污染事故和生态破坏事件调查处理。负责本区长江三角洲区域污染防治协作工作。

行政审批服务科

负责生态环境准入的监督管理、行政审批制度改革工作。依照行政许可事项清单实施行政许可。按照权限规定，承担预防、控制环境污染和环境破坏工作，审批开发建设区域、项目环境影响评价文件。对重大经济和技术政策、发展规划以及重大经济开发计划进行环境影响评价。指导协调区内工业园区生态环境管理。

社区联络科（法制科）

负责各街道、镇社区生态环境联系指导工作。负责局重大行政决策、规范性文件的合法性审查工作。指导生态环境综合执法工作。牵头指导实施生态环境损害赔偿制度。组织开展企事业单位生态环境信用评价工作。组织开展本区生态环境宣传教育和普法工作。负责本区环境信访管理。负责“两代表一委员”书面意见或提案的办理工作。

按照有关规定设置机关党组织。